Sean McNamara et Christian Troy sont amis depuis la faculté de médecine. Chirurgiens plasticiens, ils ont installé leur clinique à Miami. Ils ne reculent devant rien pour faire tourner leur affaire. Surtout Christian, play-boy sans scrupule, VRP de charme dont le métier agit comme un aimant sur les femmes. Sean a plus d'éthique et souhaiterait moraliser ses interventions. C'est un échec : Christian lui présente en effet Silvio Pérez, un homme plutôt louche qui veut faire refaire son visage. Les divergences entre les deux amis s'amplifient, mais ils sont forcés de reconnaître qu'ils ont besoin l'un de l'autre. Sean, par ailleurs, tente de régler ses histoires de famille : la mort du désir dans son couple et les excentricités de son jeune fils...

Christian sait désormais qu'il n'est pas le père de Wilber, le fils de Gina: son véritable père est James Sutherland, l'un des nombreux autres amants de passage de Gina. Christian décide néanmoins de s'occuper de l'enfant, conjointement avec Gina (bien que n'étant pas en couple avec elle) et ne tarde pas à s'attacher à lui. C'est compter sans la présence de James, qui va essayer de leur en soustraire la garde. Sean apprend que Matt, le fils de son épouse Julia, n'est pas de lui: son véritable père est son meilleur ami, Christian. Cette découverte porte un coup fatal au couple de Sean et fissure pour quelque temps son amitié avec Christian. Julia, dépressive, se sépare de Sean et passe très près de la mort. Elle voit arriver le désastre qu'incarne sa mère, Erica Noughton, une femme accomplie, mais envahissante, égoïste et effroyablement imbue d'elle-même. Liz, qui désire être mère, décide de recourir à l'insémination artificielle. Christian lui propose de lui servir de donneur de sperme, ce qu'elle accepte, mais la grossesse se finira tragiquement. Mais la véritable épreuve dans cette saison, c'est la diabolique Ava Moore. D'abord coach personnel de Julia, elle devient ensuite la maîtresse du jeune Matt. Elle se révèlera malsaine et manipulatrice, aussi bien avec Matt qu'avec son fils adoptif, Adrian. Cependant, cette femme recèle bien des secrets, et pas des moindres... D'autres événements viendront bousculer le quotidien du cabinet McNamara/Troy. Ainsi, Christian va se sentir attiré par la beauté intérieure d'une femme aveugle ; le Découpeur, un violeur masqué qui défigure ses victimes, va s'en prendre à nos deux chirurgiens ; Merrill Bobolit, déchu, est devenu un minable toxico, ce qui ne l'empêche pas de continuer à (mal) faire son travail dans une arrière salle d'une boutique de manucure...; Kimber, devenue productrice star du porno, va séduire Sean...

La saison démarre sur un coup de théâtre. Christian, agressé par le Découpeur, avoue avoir été violé en plus d'avoir été défiguré. Il va s'ensuivre une remise en question totale de son existence. C'est ainsi qu'il va demander à Kimber de l'épouser. Kimber finit par accepter, mais le jour J Christian ne verra pas Kimber arriver au bras de Sean. Sean propose à un jeune chirurgien, Quentin Costa, de devenir momentanément l'associé de la clinique McNamara/Troy. Ce dernier accepte, mais il s'avère par la suite qu'il n'est pas aussi propre sur lui que Sean l'avait cru. À l'instar de Christian (qui est persuadé que Kimber l'a abandonné) Sean va être amené à se remettre en question. Désormais divorcé de Julia et las de son travail à la clinique McNamara/Troy, il va vouloir changer de vie. C'est ainsi qu'il va abandonner pour quelque temps la clinique (dont il laisse les rênes à Christian et Quentin) et va décider de s'engager dans une relation sérieuse avec Nikki Moretti, une jeune mère poursuivie par la maffia, dont il a refait le visage. Néanmoins, tirer un trait sur son passé s'avèrera pour lui beaucoup plus difficile qu'il ne l'avait imaginé. Le Découpeur continue de violer et de défigurer sans relâche différentes personnes. Plusieurs membres de la clinique McNamara/Troy vont être successivement soupçonnés d'être le psychopathe. Kit MacGraw, une détective chargée de le retrouver, va par ailleurs causer bien du tort à la clinique. Julia, désormais indépendante et décidée à devenir une femme accomplie, va ouvrir le Spa de la Mer, une clinique de remise en forme qu'elle va créer avec Gina, devenue séropositive, et Liz, débauchée de McNamara/Troy. Matt n'arrive pas à se remettre de la liaison qu'il a eu avec Ava Moore. Déboussolé, il sort avec une jeune fille dont la famille est nazie, avant d'avoir une aventure avec un transsexuel. Tout cela sans compter d'autres événements : Erica, la mère de Julia, est victime d'un crash aérien, Christian retrouve sa mère biologique et découvre qu'il est le résultat d'un viol, Julia est à nouveau enceinte.

Christian, désormais séparé de Kimber, souffre d'un grand vide affectif. Il décide de consulter une psychiatre, Faith Wolper, qui émet l'idée selon laquelle il serait inconsciemment amoureux de Sean. Dès lors, Christian craint d'éprouver effectivement une attirance homosexuelle pour son ami et associé. Quant à Faith, elle éprouve bientôt une attirance obsessionnelle pour Christian et s'avère une fine manipulatrice. Sean et Christian deviennent les employés de Burt Landau, un vieil homme d'affaires richissime qui a racheté leur clinique. Christian tombe amoureux de Michelle, la jeune épouse de Burt, avec laquelle il va avoir une liaison. Mais il ignore qu'elle a été membre d'un réseau bien spécial puisque James, qui au début semble n'être qu'une simple proxénète, l'oblige à participer à un trafic d'organes ; Liz en fera d'ailleurs les frais. Sean et Julia vivent à nouveau ensemble et projettent de se remarier. Julia décide de vendre ses parts du Spa de la mer puis accouche du petit Conor, le deuxième enfant de Sean. L'enfant souffre d'une malformation très rare des mains, à laquelle son père va essayer de remédier. Cette opération va être au centre d'une nouvelle crise conjugale entre Sean et Julia. Kimber est devenue une adepte de la scientologie. Elle encourage Matt, alors dépressif, à venir rejoindre sa secte. Les parents de Matt vont essayer de l'arracher de l'emprise de la scientologie et de Kimber. Cela sera d'autant plus difficile que Matt va tomber amoureux de Kimber, qui finira par être enceinte de lui et par l'épouser. Christian s'apprête ainsi à devenir grand-père en même temps qu'il redevient père. En effet, le père et la belle-mère de Wilber (le fils de Gina) meurent dans un accident de voiture; Christian devient ainsi le tuteur légal de l'enfant, alors que Gina n'a toujours pas le droit de s'occuper de lui. Cette dernière supporte mal le fait d'être laissée à l'écart, tandis que Christian découvre les joies de la paternité. Liz rencontre Poppy, une lesbienne dont elle tombe amoureuse et avec qui elle entame une liaison. Mais Poppy trouve que Liz est laide et l'incite à recourir à la chirurgie esthétique. Escobar Gallardo, en prison depuis la fin de la saison 1, est victime d'une agression et se retrouve avec le visage brûlé. Grâce à un chantage, il oblige Sean et Christian à l'opérer. Il s'avère ensuite que tout cela n'est qu'une mise en scène qu'Escobar a imaginée pour s'évader.

Sean (divorcé pour la deuxième fois de Julia) et Christian ont déménagé leur clinique à Los Angeles, ville qui apparaît encore plus superficielle que Miami, suivis par leurs fidèles employées Liz et Linda, ainsi que par Wilber, le fils adoptif de Christian. Cependant, les deux chirurgiens peinent à faire connaître leur clinique. Afin de promouvoir leurs services, ils se font embaucher comme conseillers techniques sur le tournage d'une série télévisée médicale, Cœurs et Scalpels. Cette initiative fonctionne : en plus d'être conseiller technique, Sean décroche un rôle d'acteur récurrent dans la série et devient une vedette de la télévision, ce qui fait office de publicité pour la clinique McNamara/Troy. Sean devient ainsi l'un des chirurgiens plasticiens les plus célèbres de L.A., mais Christian se sent laissé pour compte, lui qui était plus apprécié que Sean à Miami. Christian va donc entrer en compétition avec son associé pour savoir lequel d'entre eux sera le plus célèbre : afin de se faire connaître, il va, entre autres, participer à une séance photo de nu pour un magazine pour hommes, avant de pratiquer une opération chirurgicale révolutionnaire censée lui apporter gloire et renommée. De son côté, Sean découvrira les inconvénients de la célébrité : les vautours qui cherchent à profiter de sa notoriété (Colleen Rose, son agent artistique, n'est pas la grande professionnelle qu'elle prétend être), les critiques acerbes envers sa prestation d'acteur, les paparazzi qui s'immiscent dans sa vie privée. Julia s'installe à son tour à Los Angeles, avec ses enfants Annie et Conor. Elle vit désormais avec une femme, Olivia Lord. La nouvelle selon laquelle Julia est lesbienne est plus ou moins bien acceptée par nos deux chirurgiens et par Liz, qui pense que Julia « fait du tourisme » (qu'elle n'est pas vraiment lesbienne, mais qu'elle croit l'être, ayant été maintes fois déçue par les hommes). Effectivement, alors que le couple d'Olivia et Julia bat de l'aile, Christian en profite pour devenir l'amant de cette dernière. Sean découvre la vérité et accepte mal la situation, lui qui est toujours amoureux de Julia. Pour court-circuiter la relation entre Julia et Christian, Sean embauche Gina comme nouvelle standardiste de la clinique, en espérant qu'elle mette sérieusement à l'épreuve la fidélité de son associé... Eden Lord, la fille d'Olivia, voit d'un très mauvais œil la mise en couple de sa mère avec Julia. Cette jeune fille de 18 ans va chercher à séparer le nouveau couple et à détruire intégralement la famille McNamara. Ainsi, elle va chercher à transmettre à la petite Annie son obsession de la perfection physique et lui apprendre à se faire vomir. Elle va aussi tenter de séduire Sean, qui est tout sauf indifférent à ses charmes, et ira jusqu'à essayer d'assassiner Julia. Kimber et Matt ont quitté l'Eglise de Scientologie avec leur fille, Jenna. Ce n'était que pour mieux tomber dans une autre galère : la drogue. Tous deux se sont transformés en junkies. À court d'argent, Matt et Kimber vont tout faire pour garantir leur dose quotidienne ainsi qu'un minimum de confort pour Jenna et pour eux-mêmes, Kimber allant jusqu'à se prostituer. Par la suite, Kimber décide d'abandonner Matt, emmenant Jenna avec elle, pour s'installer chez son ancien producteur de films pornographiques, Ram Peters. Kimber parvient alors à sortir de la toxicomanie et fait son retour dans l'industrie du X. Elle décide bientôt de prendre sous son aile une actrice porno débutante : Eden Lord... À la suite de sa rupture avec Kimber, Matt a un grave accident et échappe de peu à la mort. Il parvient toutefois à remonter la pente, mais il connaîtra d'autres déceptions amoureuses, d'abord avec Rachel Ben Natan, une jeune femme atrocement défigurée, puis avec Emme Lowell, une patiente de la clinique McNamara/Troy, avec qui il se découvrira un lien de parenté... Cette saison prend une autre tournure quand Christian apprend qu'il est atteint d'un cancer du sein. Liz lui apporte un soutien constant dans cette épreuve. Les relations entre la lesbienne assumée et l'hétérosexuel pur et dur vont considérablement évoluer, au point que Christian, se sentant condamné par la maladie, demandera Liz en mariage. Parallèlement, Sean engage une nouvelle anesthésiste, Teddy Rowe, une jeune femme fantasque au passé mystérieux...

Maintenant que ses jours ne sont plus en danger, Christian essaye de se séparer de son épouse Liz : en effet, son contrat de mariage ne lui permet pas de récupérer tout ses biens après leur divorce. Sean vit mal le départ de Julia, qui vit maintenant avec ses enfants à New York. Voulant refaire sa vie, il épouse Teddy, l'anesthésiste, qui s'avèrera être une tueuse en série. Lors d'une nuit de camping, Teddy essaye de tuer Sean et ses enfants au gaz, afin de toucher son assurance-vie. Mais, cette nuit-là, Teddy trouvera sur son chemin, un autre campeur, encore plus dérangé qu'elle, il la découpera en morceaux. Kimber fréquente le docteur Mike Hamoui, concurrent, mais aussi partenaire du cabinet McNamara/Troy : la crise étant passée par là, Sean et Christian s'associent avec Mike, qui est un spécialiste de la reconstruction vaginale. Matt essaye de faire carrière comme mime. Acculé par le besoin d'argent, il décide ensuite de commettre plusieurs braquages, toujours déguisé en mime. Il est finalement arrêté et emprisonné. Derrière les barreaux, il a une vie difficile, mais va sortir en conditionnelle, après que ses deux pères acceptent d'opérer un condamné à mort. La mère de Julia, Erica, totalement épanouie, a épousé un homme plus jeune, Renaldo et prétend être plus heureuse que jamais. Estimant qu'Annie et Conor, les enfants de Sean et Julia, vivent dans un environnement malsain (Annie s'arrachant même les cheveux pour les manger ensuite), elle en réclame la garde. Elle finira par renoncer, après avoir découvert que Renaldo est pédophile. Julia trouve ensuite une solution pour se débarrasser définitivement de sa mère : elle fait en sorte qu'elle soit arrêtée à l'aéroport avec de la drogue dans son sac. Sean voit réapparaître dans sa vie son frère, Brendan. Ancien toxicomane, Brendan demande à Sean de lui enlever les cicatrices que la drogue a laissées sur son visage. Christian voit d'un mauvais œil le retour de Brendan et va manigancer pour séparer définitivement les deux frères. Christian et Kimber se rapprochent à nouveau l'un de l'autre, car ils sont mutuellement attirés par leurs personnalités malsaines. Kimber tombe enceinte de Christian. Refusant d'avoir un enfant, Christian propose à Kimber un marché : soit elle avorte et il l'épouse, soit elle garde l'enfant et devra renoncer au mariage. Kimber décide d'avorter, mais l'intervention se passe mal : elle ne pourra plus jamais avoir d'enfant. Kimber épouse ensuite Christian. Sean et Christian reçoivent un prix de l'université de Miami pour leur travail, mais Sean s'en moque et aimerait faire de l'humanitaire avec un de leurs anciens camarades, Curtis. Sean surprend le directeur remercier Christian pour sa donation et comprend alors pourquoi deux chirurgiens plasticiens ont reçu ces distinctions. Il s’énerve contre Christian, qu'il accuse d'avoir ruiné sa vie, en l’empêchant d’aller à Harvard et ainsi de mener la vie qu’il souhaitait. Christian n’est pas d’accord et lui dit que c'est lui-même qui a ruiné sa vie. Ne supportant plus toutes les irresponsabilités de Christian, alors qu’il est un homme marié, Sean et Kimber commencent une liaison et continuent de se voir en cachette. Christian finit par lui avouer qu’elle mérite mieux que lui, et décide de finir son mariage. Kimber n’est pas d’accord, mais Christian ne lui laisse pas le choix. Déprimée et voyant qu'elle ne peut vivre avec ou sans Christian, Kimber se suicide. Les relations entre Sean et Christian atteignent leur point de non-retour quand, à cause de Christian, les deux chirurgiens se retrouvent à nouveau avec un cadavre sur les bras, cadavre dont ils vont devoir se débarrasser. Sean envisage alors un temps de quitter la clinique pour se tourner vers l'action humanitaire et la chirurgie réparatrice aux côtés de Curtis, mais le projet tourne court. Sean se retrouve ainsi contraint de rester travailler aux côtés de Christian, qu'il a de plus en plus de mal à supporter. Sean accepte ensuite de servir de donneur de sperme à Liz, qui n'a pas abandonné l'idée d'avoir un enfant. Toutefois, il va rapidement le regretter, d'autant que Liz veut élever leur enfant seule. Liz trouvera un instant l'amour, avec une femme, vendeuse de produits médicaux, mais étant gênée, cette femme retournera vers son mari, car elle n'est pas capable d'assumer son homosexualité. De son côté, Matt se trouve une nouvelle copine, Ramona, avec qui il envisage de se marier, mais il la laissera tomber devant l'autel pour aller retrouver son ex, la manipulatrice Ava Moore. Ava, qui veut a tout prix avoir un enfant, a enlevé un bébé roumain, Raphaël, dans un orphelinat, mais l'enfant a des cicatrices sur le visage ; Christian accepte de soigner l'enfant à condition qu'Ava quitte définitivement Matt. Ava accepte, mais après avoir appris que Raphaël ne pourra pas être débarrassé de ses cicatrices avant longtemps, Ava décide de l'abandonner à Sean. Alors qu'Ava est à l'aéroport, Matt la rejoint à la dernière minute en compagnie de sa fille, la petite Jenna. N'ayant pas d'autre solution pour avoir un enfant, Ava accepte de se mettre en couple avec Matt, pour qu'elle puisse à ses côtés élever Jenna comme sa propre fille. Julia retourne à Los Angeles. Elle est fiancée avec un homme qu'elle a rencontré en Angleterre et elle veut partir vivre avec ses enfants à Londres, à ses côtés. Sean cédera malgré lui, mais pour lui, Julia compte beaucoup, tout comme Christian, qui n'en reste pas moins hanté par la mort soudaine de Kimber. Finalement, c'est Christian qui choisit de mettre un terme à sa collaboration avec Sean, voyant que celui-ci est malheureux à ses côtés. Sean part en Roumanie avec le petit Raphaël, pour faire une nouvelle vie. Christian travaillera désormais seul avec sa nouvelle associée : Liz Cruz, la clinique étant renommée pour l'occasion Troy/Cruz. Sean et Christian se séparent à l'aéroport et montrent ainsi les deux voies possibles pour vivre dans ce monde : la résignation ou l'illusion de l'espoir.