Plusieurs milliers d'années après un mystérieux phénomène qui a transformé toute l'humanité en pierre, Senku, un lycéen féru de science, parvient à sortir de son cocon minéral. Dans ce monde où désormais toute civilisation a disparu, il décide d'utiliser la science pour tout rebâtir. Avec l'aide de son ami d'enfance, l'infatigable Taiju Ôki qui a lui aussi recouvré sa liberté, ils vont devoir repartir de zéro. Ainsi commence leur aventure pour se réapproprier des milliers d'années d'histoire de la science, de l'Âge de pierre à leurs jours.

Senkû et les villageois ont réussi à terminer la construction du premier téléphone portable avant le début du printemps. Grâce à ce dernier, ils vont pouvoir contacter Taiju et Yuzuriha qui se sont infiltrés dans l'empire de Tsukasa depuis déjà un an. Ainsi, la guerre opposant le royaume de la science à l'empire de Tsukasa est sur le point de débuter !

Avec l'ambitieux Ryuusui Nanami à bord, Senkuu Ishigami et son équipe sont presque prêts à parcourir les mers et à atteindre l'autre côté du monde, là où l'étrange lumière verte qui a pétrifié l'humanité est née. Grâce à la résurrection d'un chef talentueux, suffisamment de nourriture est préparée pour tout l'équipage, et l'incroyable réinvention du GPS promet d'assurer la sécurité en haute mer. Les préparatifs du voyage à venir progressent à merveille jusqu'à ce que Senkuu reçoive un message étrange d'une source mystérieuse. Plus motivé que jamais, le scientifique se lance à la découverte du nouveau monde et découvre ce qu'il peut offrir à sa cause scientifique. Bien que les territoires inexplorés puissent cacher de mauvaises surprises, Senkuu, avec un peu d'aide de la science, est prêt à relever tous les défis.

Après la bataille de l'île au trésor, Senku et la bande retournent au royaume de la science. Ayant pour objectif la Lune, ils doivent d'abord se rendre aux Amériques dans l'espoir de commencer à récolter les matériaux nécessaires. Grâce au travail d'équipe et à la science, ils poursuivent leur combat pour sauver l'humanité une fois pour toutes !