1 - Épisode 1

John O’Neill, chef de l’unité antiterroriste du FBI, fait venir dans son équipe Ali Soufan, jeune agent de confession musulmane. Alors qu’ils ont du mal à obtenir des informations de la CIA, ils se rendent compte que leur travail ne fait que commencer... juste au moment où deux ambassades américaines sont la cible d’attentats.

2 - Épisode 2

Suite aux attentats simultanés contre des ambassades au Kenya et en Tanzanie, le FBI commence son enquête sur le terrain tandis que la CIA réfléchit à des mesures de représailles.

3 - Épisode 3

Le FBI retrouve un des terroristes qui ont survécu et découvre une piste qui va tout changer, tandis que les mesures de représailles de la CIA sont approuvées.

4 - Épisode 4

Continuant à garder l'information du FBI, Schmidt est renvoyé d'Alec Station. Diane fait une découverte importante au sujet du propriétaire du numéro de téléphone Owhali a donné Chesney. O'Neill cherche un réconfort dans sa foi alors que sa vie personnelle et professionnelle s'effondre devant lui.

5 - Épisode 5

La CIA et le FBI sont en état d'alerte alors que les menaces entourant le nouveau millénaire abondent. O'Neill et Soufan ont attaqué une cellule AQ à Brooklyn. La CIA continue de cacher des informations vitales au FBI alors qu'elle traque les individus suspects entrant aux États-Unis.

6 - Épisode 6

Vince continue à demander la permission de partager le visa de Mihdhar avec le FBI. O'Neill perd son porte-documents et une enquête sur son traitement des documents classifiés commence. Un garçon, radicalisé après que l'attaque de représailles de la CIA a tué son ami, se rend au Yémen pour commencer son propre voyage du martyre.

7 - Épisode 7

O'Neill et Soufan se rendent au Yémen pour commencer l'enquête sur l'attentat à la bombe contre les États-Unis. Cole. Le FBI prend connaissance d'une réunion en Malaisie et de Khallad, sans savoir que la CIA était au courant de ces deux choses depuis des mois.

8 - Épisode 8

Tout le monde s'adapte à un nouveau président et, avec lui, un changement dans la priorité de la menace. Soufan apprend l'importance du garde du corps d'UBL et se voit refuser l'accès à celui-ci. O'Neill se voit refuser la rentrée au Yémen et est contraint de démissionner. Les terroristes des États-Unis, Hazmi, Mihdhar et Atta sont perdus par leur conducteur américain.

9 - Épisode 9

10 - Épisode 10