Saison 3 (2002)

1 - L'alliance mystique
14 septembre 2002Les élèves de l'Institut, poursuivis par les autorités, sont contraints de se séparer. Scott et une poignée de mutants s'unissent alors à Mystique et la Confrérie pour libérer ceux qui ont été emprisonnés…

2 - L'étoffe des héros
21 septembre 2002Le Fauve et Tornade se rendent à Washington pour plaider la cause des mutants. Malheureusement, pendant ce temps, le Fléau menace toute une ville…

3 - Reconnaissance
28 septembre 2002Les jeunes mutants réintègrent le lycée de Bayville. Mais depuis que leurs pouvoirs ont été révélés, les choses ne sont plus pareilles…

4 - Association de malfaiteurs
5 octobre 2002La Confrérie des Mauvais Mutants se voient offrir par Gambit l'occasion de rejoindre les rangs de Magneto. Pour cela, ils doivent réussir un test : libérer Pietro…

5 - Seul dans la nuit
19 octobre 2002Mystique, qui est parvenue à s'échapper de la Zone 51, enlève Scott et l'abandonne au beau milieu du désert sans ses lunettes de protection…

6 - Mesures extrêmes
2 novembre 2002Spyke voit ses pouvoirs devenir de plus en plus incontrôlables. Se sentant différent, le jeune homme trouve refuge auprès d'autres mutants vivant dans les égoûts de la ville…

7 - Les bourreaux des coeurs
9 novembre 2002Toad dérobe l'inducteur d'images de Kurt afin de séduire Wanda. Cette dernière est toujours à la recherche de son père et ne décolère pas…

8 - Possédée
16 novembre 2002Lors d'un concert, Malicia entre en contact physique avec Mystique. Les pouvoirs de la jeune fille deviennent alors incontrôlables et, successivement, elle endosse l'apparence, la personnalité et les pouvoirs de toutes les personnes qu'elle a déjà touchées…

9 - Ouvrir les verrous
30 novembre 2002Angel vient requérir de l'aide à l'Institut pour récupérer un objet volé par Gambit sous l'emprise de Mesmero. Magneto et ses acolytes tentent également de mettre la main sur l'instigateur de ce vol…

10 - X23
2 août 2003X23, une jeune fille créée à partir de l'ADN de Wolverine, prend d'assaut l'Institut…

11 - Sombre Horizon (1/2)
9 août 2003Mesmero manipule Malicia de manière à ce qu'elle "absorbe" les pouvoirs de tous les mutants et participe ainsi au réveil d'Apocalypse…

12 - Sombre Horizon (2/2)
16 août 2003Mesmero manipule Malicia de manière à ce qu'elle "absorbe" les pouvoirs de tous les mutants et participe ainsi au réveil d'Apocalypse…

13 - La croisière
23 août 2003Lors d'une croisière, les élèves de l'Institut débarquent sur une île dont le volcan entre en irruption…