Clarissa « Clary » Fray est une jeune adulte de 18 ans qui vit à New York avec sa mère et étudie l'art. Lors d'une soirée dans un club new-yorkais, elle assiste au meurtre d'une femme par trois jeunes étranges qu'elle seule semble voir et tue par accident un homme. De retour chez elle, sa mère, Jocelyn, lui révèle leur véritable nature : elles descendent d'une longue lignée de Shadowhunters, des chasseurs de démons mi-anges mi-hommes. Mais avant de pouvoir lui en dire plus, des hommes viennent les attaquer, pour récupérer "la coupe mortelle". Ce qui pousse Jocelyn à téléporter Clary ailleurs. Clary fait alors la rencontre de Jace, l'un des jeunes du club mais surtout un Shadowhunter. Au côté d'autres Shadowhunters, il lui fait découvrir lInstitut ainsi qu'un monde surprenant et peuplé de Créatures Obscures telles que les vampires, les loups-garous, les sorciers, les fées et autres démons. Clary va tenter de comprendre ce monde particulier auquel elle appartient depuis toujours sans le savoir et de sauver sa mère.

L'Institut est en état d'alerte, Valentin est en possession de la coupe et Jace l'a rejoint. Clary, Isabelle et Alec vont devoir vite passer à l'action s'ils veulent sauver Jace ainsi que la ville. Mais l'arrivée de nouveaux représentants de l'Enclave va vite ralentir leurs plans. Après avoir attrapé Valentin et l'avoir emprisonné, le Monde Obscurs tente de se remettre de cette terrible épreuve après avoir connu d'innombrables pertes. Alors que Jace et Clary tentent de faire parler Valentin en le torturant, une alliance est créée pour tenter de reconstruire les relations avec les différentes créatures du Monde Obscurs, alors que pendant ce temps-là, un mystérieux shadowhunter du nom du Sebastian Verlac les rejoint dans la bataille et que la reine des fées s'intéresse fortement à Simon Lewis devenu un vampire diurne.

Après la mort de Valentin, les créatures du monde obscur et les shadowhunters essayent de revenir à une "vie" normale. Clary lutte à garder son secret, par rapport à l'ange Raziel pendant que Alec pousse Jace à confesser le secret que Clary et lui cachent. Luke doit utiliser un "amour dur" pour cacher son secret à Ollie qui est sur le point de trouver des réponses à ses interrogations. Magnus cache ses vrais sentiments, à propos de sa nouvelle position dans la communauté des sorciers, à Alec. Pendant ce temps, Lilith met en place un plan à New-York alors que Simon passe du temps à la cour des lumières avec la Reine des Fées.