Dans un pays en guerre depuis des décennies vit un roi. Il a deux petites filles, Catherine l'aînée, remarquable pour son intelligence, et la belle Caroline. Cependant, la reine vient à mourir en donnant naissance à une troisième petite fille. Le roi, qui désirait un fils héritier du trône, est déchiré par la mort de sa femme et s'en prend à l'enfant en la conduisant dans la grotte de la « bête sacrée » pour l'offrir en sacrifice. La Sorcière Blanche, qui avait prédit la naissance d'une fille, intervient discrètement. Le roi ouvre alors les yeux sur son geste et décide de lui accorder la vie sauve. Il baptise l'enfant Fantagaro. D'un tempérament rebelle au premier abord vis-à-vis de sa situation de femme « naturellement inférieure », elle se révèle d'une grande générosité et met tout en œuvre pour aider son père. Elle décide alors de se faire passer pour un homme afin de pouvoir défier en combat singulier le prince ennemi Romualdo, dont elle finira par tomber éperdument amoureuse.

Dans une forêt lugubre et effrayante, se trouve un ténébreux château dans lequel vit une reine noire, cruelle au point de se faire appeler la sorcière noire. Celle-ci répugne l'amour que la reine Fantagaro et le roi Romualdo éprouvent l'un envers l'autre. Pour les séparer et semer le mal, la sorcière fait capturer le père de Fantagaro peu de temps avant le mariage de celle-ci avec Romualdo. Ce dernier part alors en guerre pour ramener le souverain et pouvoir ainsi se marier avec la femme qu'il aime. Quand il pénètre dans la forêt noire, la sorcière prend l'apparence de Fantagaro et emmène Romualdo dans son château. La sorcière noire jette un sort à Romualdo, afin qu'il oublie définitivement Fantagaro et qu'il tombe amoureux d'elle.

Les enfants de rois et de reines sont enlevés par le prince des ténèbres, Tarabas, à cause d'une prophétie lui annonçant sa défaite face à un enfant royal. Malheureusement, Romualdo tombe dans l'eau contaminée par l'armée du prince des ténèbres en sauvant les enfants de Catherine et Caroline, et se transforme en pierre. Fantagaro va alors tout tenter afin de sauver son amour et cela va la conduire, avec l'aide de la reine noire, auprès de Tarabas.

Le diabolique Darken, père de Tarabas, est bien décidé à conquérir le monde en le réduisant à néant. L'enfant guerrier Parsel lance un appel à l'aide de l'Orient : le mal s'apprête à prendre le pouvoir. De son côté, Fantagaro est affaiblie par la mystérieuse disparition de Romualdo et celle de son peuple, provoquées par le passage du « nuage noir ». Elle n'a cependant pas perdu son courage et répond à l'appel du jeune Parsel. Fantagaro, Parsel et Tarabas (qui est devenu un ami cher auprès de Fantagaro) partent alors à la recherche du royaume où vit Darken, l'empereur du mal.

La Sorcière Noire enlève Fantaghiro et compte bien l'exécuter. En prison la jeune reine rencontre un individu étrange qui affirme être un cavalier d'un autre monde fuyant son créateur, le terrible « Sans Nom », un ogre mangeur d'enfants. Suite aux souhaits des jeunes enfants qui cherchent un héros pour délivrer leur pays du mal, Fantaghiro se retrouve téléportée dans cet autre monde et échappe de justesse à son exécution. Elle devra combattre le « Sans Nom » aux côtés du chevalier Aries.