Célèbre MMO, Elder Tale annonça une nouvelle mise à jour à venir. Lorsque cette dernière fut appliquée, les personnes se connectant au jeu devinrent incapables d'en sortir. Prisonnier de ce monde virtuel, Shiroe est un habitué de l'univers et est connu comme étant l'un des meilleurs enchanteurs. Avec deux de ses amis qui l'accompagnent, Akatsuki et Naotsugu, il s'apercevra que la mort n'est pas punitive car n'entraînant aucune conséquence dans le monde réel. Toutefois, entre les nouveaux monstres issus de la mise à jour et les autres joueurs mal intentionnés souhaitant profiter de la situation, le danger ne cesse de rôder autour d'eux tandis qu'ils explorent le monde dans l'espoir de trouver un moyen de s'échapper.

Shiroe est désormais le chef de la guilde Log Horizon, il y est toujours prisonnier du monde virtuel du jeu Elder Tale en compagnie des ses amis et compagnons. Après avoir réussi à installer des règles et des events, notre héros a su créer des liens amicaux entre les joueurs (les aventuriers) et les P.N.J. (les villageois) avec le concours du Conseil de la Table Ronde qui réunit plusieurs guildes. La paix et la joie semblent donc régner dans la cité d’Akiba. Mais tous les problèmes sont loin d'être réglés, le stratège Shiroe et ses amis devront user d’ingéniosité pour bâtir un monde meilleur ! En effet des soucis financiers, des ennemis, des énigmes et de mystérieux personnages seront au programme ! Et puis, tous ces joueurs vont-ils revenir un jour dans le monde réel ?