Saison 5 (1996)
Affecté au commandement de la station orbitale Deep Space Nine, Benjamin Sisko doit s'assurer du maintien de la paix sur la planète Bajoran, tout juste sortie d'une guerre entre les Bajorans et les Cardassiens.
1 - L'apocalypse (2/2)
30 septembre 1996(Suite de l'épisode 26 de la saison 4) Starfleet missionne Benjamin Sisko pour se rendre dans l'Empire Klingon démasquer Gowron qui a été remplacé par un Korrigan. Ce dernier choisit Miles O'Brien, Odo (tout trois grimés en Klingons) et Worf pour l'accompagner dans cette mission délicate.
2 - Le vaisseau
7 octobre 1996L'équipage du Défiant explore une planète du Quadrant Gamma pour voir s'il est possible d'y installer une colonie de forage, quand un vaisseau inconnu pénètre dans l'atmosphère pour s'écraser.
3 - Mauvais Par'Mach
14 octobre 1996Grilka, qui fut fugacement mariée à Quark, débarque dans la station. Worf en tombe amoureux, mais finit par aider Quark a conquérir le cœur de la klingone. Durant ce temps, le Major Kira Nerys continue de vivre chez les O'Brien, et une intimité gênante se crée entre elle et Miles O'Brien.
4 - Le vrai courage
21 octobre 1996Jake écrit un essai sur le Docteur Bashir et le suit dans un de ses périples. Ils captent alors un appel de détresse d'une colonie de la Fédération.
5 - La mission
28 octobre 1996Lorsque son épouse revient de Bajor, O'Brien est choqué quand celle-ci lui révèle qu'elle est en fait une entité qui a pris possession du corps de Keiko.
6 - Épreuves et tribulations
4 novembre 1996L'espion Klingon Darvin remonte le temps pour modifier certains événements. L'équipage du Deep Space Nine doit l'en empêcher sans altérer le cours de l'histoire.
7 - Que celui qui n'a jamais péché
11 novembre 1996Les relations se tendent entre Dax et Worf, et celui-ci envisage une conversation à cœur ouvert pendant leurs vacances sur Risa, la "planète des plaisirs".
8 - Les condamnés
18 novembre 1996Benjamin Sisko, Odo, Dax et Garak sont retrouvés inconscients. Alors que Bashir tente de les réanimer, ils se réveillent pendant l'occupation cardassienne de Bajor.
9 - L'ascension
25 novembre 1996Après un atterrissage en catastrophe sur une planète désertique, Odo et Quark perdent leur système de communications, leur réplicateur et la plupart de leurs rations.
10 - Extase
30 décembre 1996En regardant un tableau qui représente B'hala, la légendaire cité perdue de Bajor, Benjamin Sisko trouve l'inspiration pour redécouvrir ce fameux site.
11 - Les ténèbres et la lumière
6 janvier 1997Kira est intriguée par le meurtre de Latha Mabrin, un des membres de son ancien groupe de résistants. Ses soupçons se renforcent lorsqu'elle reçoit un message enregistré.
12 - Naissances
27 janvier 1997Kira se prépare finalement à accoucher, mais Odo s'occupe de son propre "bébé" : l'ex-métamorphe a fait l'acquisition d'un bébé métamorphe auprès de Quark.
13 - Pour l'uniforme
3 février 1997Sisko est confronté à Michael Eddington, son ancien responsable de la sécurité de Starfleet, qui l'a trahi et rejoint le Maquis.
14 - À l'ombre du purgatoire (1)
10 février 1997La station DS-9 reçoit un appel de détresse cardassien venant du Quadrant Gamma. Ce message émane d'Enabrane Tain disant qu'il est vivant. Elim Garak et Worf partent à sa recherche et découvrent un flotte d'invasion Jem'Hadar.
15 - À la lumière de l'enfer (2)
17 février 1997(Suite de l'épisode précédent). La flotte du Dominion n'attaque pas DS-9, mais il s'avère qu'elle se dirige vers Bajor. Gul Dukat a mené des tractations avec le Dominion, et les Cardassiens ont rejoint celui-ci. Dukat est devenu le nouveau chef du gouvernement Cardassien. Durant ce temps sur la station, on recherche le Korrigan qui a saboté le vortex, le rendant plus résistant. Sur la prison, Enabrane Tain est mort; le vrai Julian Bashir, Elim Garak, Worf et Martok tentent de s'évader.
16 - Dr Bashir, je présume ?
24 février 1997Bashir est choisi comme modèle pour le programme de médecin holographique de Starfleet. Il en est informé par le Docteur Zimmerman, responsable du projet.
17 - Une simple enquête
31 mars 1997Odo rencontre une belle jeune femme dont les capacités d'observation l'impressionnent. Plus tard, il est intrigué lorsqu'elle tente de pirater l'ordinateur de la station.
18 - Les affaires sont les affaires
7 avril 1997Le cousin de Quark arrive sur la station et lui propose de participer à son activité de vente d'armes, ce qui lui permettrait de rembourses ses dettes en moins d'un mois.
19 - Les liens du sang et l'eau
14 avril 1997Kira retrouve Tekeny Ghemor, célèbre dissident Cardassien qui fut dupé pour lui faire croire que Kira était sa fille, en espérant qu'il mènera l'opposition à l'alliance Dominion-Cardassienne.
20 - Chants d'amour Ferengis
21 avril 1997Dégoûté de son existence, et surtout de son exclusion pas l'Autorité Commerciale Ferengie, Quark retourne chez lui pour chercher du réconfort auprès de sa mère.
21 - Les soldats de l'empire
28 avril 1997Le Général Martok reçoit du Haut-Conseil Klingon l'ordre de rechercher un vaisseau Klingon, le B'Moth, qui a disparu non loin de la frontière cardassienne.
22 - Les enfants du passé
5 mai 1997Dans le Quadrant Gamma, Dax enquête sur une planète entourée d'une barrière énergétique, qui endommage le Défiant et provoque la duplication de Kira.
23 - Explosion de gloire
12 mai 1997Un message secret est transmis à Sisko. Les quelques terroristes du maquis qui n'ont pas encore anéantis par le Dominion lancent des représailles massives contre Cardassia.
24 - Empok Nor
19 mai 1997Deep Space Nine est endommagée. Ne pouvant pas répliquer les pièces cardassiennes voulues pour réparer, O'Brien mène une mission de sauvetage vers une station spatiale.
25 - Tout est dans les cartes
9 juin 1997Apprenant que Quark envisage de vendre aux enchères des objets de collection, dont une carte de baseball de Willie Mays, Jake décide d'obtenir cette carte pour son père.
26 - L'appel aux armes
16 juin 1997Alors qu'un autre convoi de vaisseaux Jem'Hadar émerge du vortex en direction de Cardassia, Sisko se rend compte que le Dominion prend le contrôle du Quadrant Alpha.