Saison 3 (2016)
Cela fait trois mois que Clarke s'est exilée après avoir irradié le Mont Weather pour sauver ses amis. Une sorte de paix a été établie entre le Peuple du Ciel, désormais appelé Skaikru, et les Natifs, mais elle est mise à l'épreuve par un clan natif, la Nation des Glaces, et surtout par le chef d'une station dernièrement découverte sur Terre, qui voue une haine aux Natifs à cause des actes de la Nation des Glaces. Clarke se cache chez une Native mais beaucoup de personnes la recherchent, l'appelant maintenant la « Commandante de la Mort ». Pendant ce temps-là, sur l'île, Murphy, qui a été emprisonné dans le phare, est libéré et découvre Jaha dans la villa, qui semble très étrange et s'est allié avec l'intelligence artificielle.

1 - Wanheda [Partie 1]
21 janvier 2016Bellamy et Kane partent en mission pour sauver Clarke dont la tête est mise à prix. Murphy rencontre Jaha au manoir.

2 - Wanheda [Partie 2]
28 janvier 2016Au péril de leurs vies, Bellamy et Kane sauvent Clarke. Abby envisage de réhabiliter le Mount Weather pour en faire un centre médical. Murphy prépare une trahison.

3 - Le treizième clan
4 février 2016Tandis que Clarke est face à un dilemme, Bellamy découvre que rien n'est comme il paraît.

4 - Attention aux trônes
11 février 2016Clarke découvre l'architecte d'un plan ingénieux. Alors que Kane tente de maintenir la paix, Jasper perd son sang-froid.

5 - Hakeldama
18 février 2016Pike renforce son contrôle, Clarke s'efforce d'éviter la guerre, un personnage familier rentre à Arkadia avec une nouvelle mission, et Murphy joue à un jeu dangereux.

6 - Une moisson d'amertume
25 février 2016Clarke doit choisir entre la vengeance et la paix, Octavia et Kane décident de faire équipe, et Abby continue à se faire du souci pour Raven.

7 - La treizième station
3 mars 2016Clarke fait une découverte révolutionnaire. Lexa tente de maintenir la paix entre les différents clans. Une sombre histoire du passé refait surface.

8 - Choisissez votre camp
10 mars 2016Alors qu'il tente de résoudre les problèmes de manière pacifique, Kane réalise qu'il devra peut-être prendre des mesures plus drastiques. Raven demande l'aide de Jasper.

9 - Le choix de l'esprit
31 mars 2016Pendant que Clarke fait une découverte alarmante, Octavia fait face à un dilemme pouvant avoir de graves conséquences, et Abby et Kane partagent un moment particulier.

10 - Prise et emprise
7 avril 2016Jaha tente une nouvelle approche terrifiante pour recruter Abby. Bellamy est confronté à la terrible vérité. Monty se retrouve dans une situation dangereuse.

11 - Plus jamais
14 avril 2016Tandis que Jasper cède à la fureur, le côté sombre de Raven émerge sous l'influence d'ALIE. Octavia tente de trouver sa place en ce bas monde.

12 - Ascende superius
21 avril 2016Jaha retourne à Polis, et Murphy fait une rencontre surprenante, tandis qu'Octavia découvre une nouvelle piste.

13 - La pastille ou la mort
28 avril 2016Clarke se lance dans une mission qui pourrait tout changer. Murphy fait une découverte potentiellement cruciale pour sa survie. Kane atteint ses limites.

14 - Ciel rouge à l'aube
5 mai 2016Clarke, Bellamy, Octavia et Jasper affrontent un obstacle dévastateur, tandis que Raven et Monty font une découverte fondamentale.

15 - Perversion de l'instanciation [Partie 1]
12 mai 2016Clarke reprend espoir dans un endroit improbable, tandis que le plan d'ALIE commence à prendre forme.

16 - Perversion de l'instanciation [Partie 2]
19 mai 2016Le groupe se prépare à l'affrontement final tout en regardant en face la triste réalité de la situation.