Saison 3 (2006)
1 - Retour dans le futur
25 novembre 2006Ben se rend dans le futur et découvre son futur soi qui n'est pas du tout ce que notre jeune héros espérait être.
2 - Les douze coups de minuit
2 décembre 2006Sublimino, un hypnotiseur maléfique, s'apprête à hypnotiser toutes les personnes d'un centre commercial pour qu'elles deviennent les esclaves de l'hypnotiseur... pour toujours!
3 - Changer de tête
9 décembre 2006L'Enchanteresse est de retour, avec un nouveau plan diabolique pour prendre l'Omnitrix.
4 - Joyeux Noël
11 décembre 2006Max est enlevé et transformé en un faux Père Noël.
5 - Ben Loup-Garou
17 février 2007Ben est attaqué par le Yenaldooshi et commence à se transformer en loup-garou. À moins que...
6 - Partie terminée
24 février 2007Ben et Gwen sont transportés dans le jeu vidéo préféré de Ben : Les Sumos Massacreurs!
7 - Les aventures de la Ligue des Super-Héros
3 mars 2007Ben découvre un dessin animé mettant en vedette Quad, Sauvage et Inferno, trois de ses aliens.
8 - Le secret de la momie
10 mars 2007Ben fait face lors d'une rude bataille à une Momie qui possède un étrange cristal, le Corrodium, qui pourrait bien transformer tout le monde en monstre.
9 - Une équipe hors du commun
17 mars 2007Ben découvre que JT et Cash jouent dans un match de baseball. Cependant, l'équipe adverse ne peut pas être réelle, ses joueurs sont trop parfaits. Ce sont des robots. À la fin, on découvre que les Chevaliers Eternel étaient derrière tout ça et Enoch jure qu'il va s'occuper personnellement des Tennyson.
10 - Un temps pourri
24 mars 2007Une machine météo devient hors de contrôle et commence à créer des monstres météorologiques.
11 - Le retour de Spectral
7 avril 2007Le Dr. Vicktor, le Yenaldooshi et la Momie font équipe pour ressusciter Spectral.
12 - Méfiez vous du noir
14 avril 2007Spectral veut détruire le soleil et faire de la Terre un endroit sombre, très sombre...
13 - Ambiance glaciale
21 avril 2007Xylène, une amie alien de Max, revient sur Terre pour chercher l'Omnitrix, qui devait initialement être destinée à Max. Ben obtient un nouvel alien : Gobe-Tout.