Saison 3 (2006)
1 - Retour dans le futur
25 novembre 2006Quand Gwen, victime d'un enlèvement, se retrouve projetée dans le futur, Ben fait la connaissance de son alter ego adulte en partant à sa recherche.
2 - Les douze coups de minuit
2 décembre 2006Sublimino, un hypnotiseur maléfique, s'apprête à hypnotiser toutes les personnes d'un centre commercial pour qu'elles deviennent les esclaves de l'hypnotiseur... pour toujours!
3 - Changer de tête
9 décembre 2006Une fois de plus, les Tennyson doivent affronter l'Enchanteresse, qui tente de s'emparer du corps de Ben pour voler l'Omnitrix.
4 - Joyeux Noël
11 décembre 2006En traversant le désert, les Tennyson arrivent dans un étrange village de Noël où Max, confondu avec le père Noël, est pris en otage.
5 - Ben Loup-Garou
17 février 2007Lors d'un voyage au Nouveau-Mexique, Ben est attaqué par un loup-garou qui se révèle être un extraterrestre diabolique déterminé à construire un satellite.
6 - Partie terminée
24 février 2007En jouant à la console un jour de pluie, Ben et Gwen se retrouvent pris au piège d'un jeu vidéo. Comment parviendront-ils à s'en sortir ?
7 - Les aventures de la Ligue des Super-Héros
3 mars 2007Ben découvre que ses super-aliens sont les stars d'un dessin animé bas de gamme qui a pris la place de son feuilleton de super-héros préféré.
8 - Le secret de la momie
10 mars 2007Ben fait face lors d'une rude bataille à une Momie qui possède un étrange cristal, le Corrodium, qui pourrait bien transformer tout le monde en monstre.
9 - Une équipe hors du commun
17 mars 2007Ben découvre que JT et Cash jouent dans un match de baseball. Cependant, l'équipe adverse ne peut pas être réelle, ses joueurs sont trop parfaits. Ce sont des robots. À la fin, on découvre que les Chevaliers Eternel étaient derrière tout ça et Enoch jure qu'il va s'occuper personnellement des Tennyson.
10 - Un temps pourri
24 mars 2007Max emmène Ben et Gwen à Chicago voir l'un de ses groupes préférés se produire sur scène. Sur place, ils croisent le chemin d'un robot météo incontrôlable.
11 - Le retour de Spectral
7 avril 2007Ben mène l'enquête quand une mystérieuse tempête violette retarde le lancement d'une navette spatiale.
12 - Méfiez-vous du noir !
14 avril 2007Les Tennyson allient leurs forces pour empêcher Spectral de plonger la Terre dans une nuit éternelle.
13 - Ambiance glaciale
21 avril 2007Xylène, une amie alien de Max, revient sur Terre pour chercher l'Omnitrix, qui devait initialement être destinée à Max. Ben obtient un nouvel alien : Gobe-Tout.