Saison 4 (2007)
Jérémie et Aelita doivent reconstruire Lyoko après sa destruction par XANA à la fin de la troisième saison.

1 - Renaissance
13 août 2007Grâce aux données envoyées depuis le réseau par Franz Hopper, Jérémie et Aelita parviennent à recréer une partie de Lyoko : le Cinquième Territoire.

2 - Mauvaise réplique
14 août 2007Jérémie crée un spectre polymorphe à son image qui le remplacera en cours de sport. Il pourra ainsi plancher sur un moyen de ramener William de Lyoko.

3 - Première partie
30 août 2007Tout Kadic est en émoi : le batteur du célèbre groupe de rock Les Subdigitals va venir au collège !

4 - Double foyer
15 août 2007Le foyer du collège est inauguré. C'est la réplique de William qui sera chargée de gérer ce nouveau lieu pour les élèves.

5 - Skidbladnir
16 août 2007Jérémie et Aelita achèvent la création d'un vaisseau virtuel capable d'emmener les Lyoko-guerriers dans les tréfonds du réseau informatique mondial.

6 - Premier voyage
17 août 2007Sous la pression de Lyoko-guerriers impatients, Jérémie accepte de lancer le vaisseau virtuel Skidbladnir pour son voyage inaugural.

7 - Leçon de choses
20 août 2007XANA a tendance à s'attaquer spécifiquement à Jérémie et Aelita. Jérémie s'en inquiète, car les autres ne savent pas utiliser seuls le supercalculateur.

8 - Réplika
21 août 2007Les Lyoko-guerriers repartent en mission dans la mer numérique pour explorer un nouveau monde virtuel que XANA semble avoir créé sur le modèle de Lyoko.

9 - Je préfère ne pas en parler !
22 août 2007Jérémie s'est mis en tête d'entraîner les Lyoko-guerriers afin de lutter plus efficacement contre XANA.

10 - Corps céleste
23 août 2007En utilisant un satellite militaire, XANA parvient à détourner la trajectoire d'une comète, qui menace maintenant de s'écraser sur l'usine et le collège.

11 - Le Lac
24 août 2007Pour enseigner un cours sur les écosystèmes, Mme Hertz emmène la classe de troisième camper sur une île isolée au milieu d'un lac.

12 - Torpilles virtuelles
27 août 2007Afin d'impressionner Milly en lui apportant un scoop, Hiroki tente de lui procurer le journal intime de sa sœur.

13 - Expérience
28 août 2007Les Lyoko-guerriers envisagent une mission de recherche et de destruction contre le supercalculateur qui a généré le premier Réplika.

14 - Arachnophobie
29 août 2007Nos héros retournent dans le laboratoire d'Amazonie, bien décidés à détruire une bonne fois pour toutes le supercalculateur qu'il abrite.

15 - Kiwodd
29 août 2007Lors d'une mission de routine, Odd prend la décision d'emmener Kiwi sur Lyoko avec lui, contre l'avis de Jérémie.

16 - Œil pour œil
30 août 2007Jérémie, embarrassé par le comportement de plus en plus humain de la réplique de William, fait part de ses craintes à ses amis.

17 - Mémoire blanche
31 août 2007Les Lyoko-guerriers retournent dans leurs familles respectives pour les fêtes de fin d’année... à l'exception d'Aelita, dont le passé reste un sujet douloureux.

18 - Superstition
8 septembre 2007Nos héros retournent vers la base du désert où ils font une découverte inquiétante, tandis qu'Odd semble être poursuivi par le mauvais sort.

19 - Missile guidé
15 septembre 2007Grâce à Odd, Jérémie gagne un baptême de l'air à bord d'un avion de chasse. Mais que se passerait-il en cas d'attaque de XANA ?

20 - La Belle de Kadic
22 septembre 2007Sissi accueille sa correspondante venue d'Islande, un véritable canon qui rend fous tous les garçons du collège.

21 - Kiwi superstar
29 septembre 2007Les Lyoko-guerriers ne supportent plus Kiwi, le chien d'Odd. Ils décident donc de le laisser au labo pendant deux semaines.

22 - Planète bleue
6 octobre 2007Lors d'une inspection surprise des chambres, Odd supplie Yumi de cacher Kiwi chez elle. Pendant ce temps, Jérémie a repéré un nouveau Réplika.

23 - Cousins ennemis
13 octobre 2007Patrick, le cousin de Jérémie, débarque à Kadic. Contrairement aux autres Lyoko-guerriers, qui le trouvent très sympa, Jérémie ne peut pas le supporter.

24 - Il est sensé d'être insensé
20 octobre 2007C'est le grand soir : Aelita mixe en première partie du concert des Subdigitals !

25 - Médusée
27 octobre 2007Aelita découvre une photo d'elle en compagnie de Franz Hopper à l'Ermitage. Jérémie essaie d'en extraire des informations.

26 - Mauvaises ondes
3 novembre 2007Lors de la visite des parents d'Odd, XANA passe à l'attaque en se servant des téléphones portables pour rendre leurs propriétaires particulièrement agressifs.

27 - Sueurs froides
3 novembre 2007Tandis qu'Ulrich et Aelita affrontent un nouveau monstre virtuel géant indestructible, Odd et Yumi sont « translatés » vers une base en Sibérie.

28 - Retour
3 novembre 2007Les Lyoko-guerriers retournent en Sibérie pour tenter de libérer définitivement William des griffes de XANA.

29 - Contre-attaque
10 novembre 2007Ayant abandonné l'idée de détruire les Réplikas, Jérémie concentre à nouveau ses efforts sur les systèmes multi-agents.

30 - Souvenirs
10 novembre 2007Après leur victoire contre XANA, les héros se réunissent une dernière fois afin d'éteindre le supercalculateur pour de bon.