Saison 2 (2005)
XANA gagne en puissance. Capable d'entrer en possession des humains, il s'apprête à semer encore plus le chaos sur Terre.

1 - Nouvelle donne
31 août 2005Des surprises attendent la bande sur Lyoko : Jérémie a programmé des engins ultra performants et XANA a généré de nouveaux monstres.

2 - Terre inconnue
7 septembre 2005En enquêtant sur l'Ermitage, où Aelita a eu des visions, Jérémie découvre que la maison appartient à un certain Franz Hopper.

3 - Exploration
14 septembre 2005Les héros explorent le Cinquième Territoire dans l'espoir de découvrir les secrets qu'il recèle.

4 - Un grand jour
21 septembre 2005XANA a pris le contrôle du programme « retour dans le temps » du supercalculateur et les héros se rendent vite compte qu'il a envoûté Sissi.

5 - Mister Pück
28 septembre 2005Aelita est assaillie par des visions de plus en plus angoissantes. Depuis quelques jours, elle n'arrive plus à fermer l'œil.

6 - Saint Valentin
5 octobre 2005C'est la Saint-Valentin ! Yumi et Ulrich se disputent au sujet de William. Aelita reçoit un joli collier et pense que c'est Jérémie qui le lui a offert en cadeau.

7 - Mix final
12 octobre 2005Tandis qu'Aelita se prépare à jouer les DJ lors d'une soirée au collège, XANA prévoit de s'en prendre à elle.

8 - Chaînon manquant
19 octobre 2005En voulant sauver Aelita d'une attaque de la Méduse, Yumi se retrouve engagée dans un combat acharné contre le monstre.

9 - Les jeux sont faits
26 octobre 2005Yumi et sa famille vont devoir déménager. Effondré par la nouvelle, Ulrich formule un plan pour qu'ils puissent rester.

10 - Marabounta
2 novembre 2005En décryptant une partie du journal de Franz Hopper, Jérémie tombe sur une théorie intéressante sur les systèmes multi-agents.

11 - Intérêt commun
9 novembre 2005La pile nucléaire qui alimente le supercalculateur est à court de combustible. Sentant le danger venir, XANA élabore un plan pour voler de l'uranium.

12 - Tentation
7 décembre 2005Jérémie insiste pour retourner dans le temps, mais ses amis sont conscients du danger que cela représenterait.

13 - Mauvaise conduite
16 novembre 2005Les élèves de 4e et de 3e suivent une formation au code de la route. La tension est palpable entre Ulrich et William qui veulent tous les deux impressionner Yumi.

14 - Contagion
23 novembre 2005XANA se sert de Kiwi pour propager un virus qui transforme les humains en zombies ayant pour unique objectif de tuer nos héros.

15 - Ultimatum
30 novembre 2005Sous l'emprise de XANA, le proviseur, kidnappe Yumi et Odd et lance un ultimatum à Jérémie.

16 - Désordre
14 décembre 2005Au terme d'une autre mission réussie sur Lyoko, nos héros se rematérialisent dans les scanners. Mais quelque chose ne tourne pas rond.

17 - Mon meilleur ennemi
11 janvier 2006Tout le monde est amoureux au collège ! D'abord, Jérémie embrasse Heidi ! Ensuite, c'est Yumi qui embrasse Mathias !

18 - Vertige
11 janvier 2006Humilié pendant un cours d'EPS, William part ruminer dans les bois... au moment précis où XANA décide d'attaquer.

19 - Guerre froide
18 janvier 2006En utilisant à son avantage un relais de la télévision nationale, XANA fait jaillir des spectres des antennes et des émetteurs dans toute la ville.

20 - Empreintes
18 janvier 2006Une fois de plus, Aelita est en proie à d'étranges visions qui semblent liées à un passé qu'elle n'a pas vécu. Il s'agit en fait de l'un des plans de XANA !

21 - Au meilleur de sa forme
25 janvier 2006C'est le jour de la visite médicale au collège ! Mais l'infirmière scolaire se retrouve sous l'emprise de XANA et Aelita se fait capturer.

22 - Esprit frappeur
25 janvier 2006Après avoir entendu des bruits étranges dans la chaufferie, Sissi est certaine que le collège Kadic est hanté.

23 - Franz Hopper
1 février 2006Un homme étrange débarque au laboratoire informatique, se faisant passer pour Franz Hopper. Nos héros n'en croient pas leurs yeux.

24 - Contact
1 février 2006Les héros ont des soucis avec Sissi, qui a un comportement étrange. Serait-elle sous l'emprise de XANA ?

25 - Révélation
8 février 2006Afin de décrypter plus facilement le journal de Franz Hopper, Jérémie décide d'activer à nouveau une tour.

26 - Réminiscence
8 février 2006Grâce au journal de Franz Hopper, que les amis ont enfin déchiffré, Jérémie comprend ce qui relie Aelita à XANA.