Itsuka Shido est un jeune lycéen vivant une vie paisible jusqu'à ce qu'une explosion détruise la ville et qu'une jeune fille en armure apparaisse devant lui. Quelques instants après, sa sœur adoptive Kotori, qui est en réalité commandante de l'organisation militaire Ratatoskr, lui apprend que la fille en question est un esprit qui déstabilise l'espace-temps. Le seul moyen d'arrêter cette menace est que Shido utilise son mystérieux pouvoir lui permettant de sceller les pouvoirs d'un esprit dans son corps. Cependant, cette méthode ne fonctionne que si l'esprit l'affectionne et a confiance en lui. Ainsi, l'organisation Ratatoskr va lui proposer sortir avec cet esprit pour gagner sa confiance et son affection.

Shido Itsuka, qui était un lycéen normal au lycée Raizen, rencontre le premier Esprit, Tohka, et éveille son pouvoir pour "sceller le pouvoir de l'Esprit". Bien qu'ils soient des êtres craints et détestés en raison de leur immense pouvoir, les Spirits ont toujours été seuls et ne connaissent que le combat et la mort. Shido, le seul au monde à avoir le pouvoir de sceller la puissance des Esprits, se lance dans des rendez-vous mortels avec les magnifiques Esprits afin de les sauver.

La vie est redevenue calme pour Shido - ou du moins aussi calme qu'il peut l'être lorsqu'il doit jongler avec les intérêts romantiques d'une demi-douzaine d'esprits scellés et d'un camarade de classe agressif. Une nouvelle alerte au tremblement de terre l'envoie dans un parc d'attractions en ruines pour rencontrer le nouvel Esprit, Natsume, qui s'habille comme une sorcière et utilise des pouvoirs magiques pour rendre les attaquants d'AST ridiculement inefficaces. Bien que les choses se passent bien au début, il l'offense par inadvertance, et elle se venge en se faisant passer pour lui et en essayant de ruiner sa réputation à l'école. Lorsque cet effort est finalement contrecarré par Origami et Tohka, elle a recours à un plan beaucoup plus complexe qui pourrait entraîner la disparition d'une des personnes de son entourage.

En même temps que la catastrophe sans précédent du « Tremblement de terre spatial », des jeunes filles du monde voisin, les elfes, sont apparues. Leurs pouvoirs sont suffisamment puissants pour rivaliser avec la catastrophe, et les humains sont constamment submergés par eux. Pour lutter contre les elfes, l'humanité a le choix entre détruire les elfes par la force, ou « Sortir avec elles et les rendre timides ! » Embrasser un elfe dont la cote de popularité atteint MAX en raison de sa timidité scelle son pouvoir spirituel et le convertit en son propre pouvoir - une capacité spéciale que possède Shidou Gohe. Des décennies se sont écoulées depuis que les elfes sont apparus pour la première fois devant les humains. La relation entre les humains et les elfes et la façon de les traiter ont également changé en secret. Une brève période de tranquillité a été rompue. La guerre de Shidou et des autres est sur le point de reprendre.

Bien qu'elles ressemblent à des filles humaines, elles sont différentes des humains : ce sont des elfes. Ils ont de puissantes capacités, et lorsqu'ils apparaissent dans le monde voisin, ils provoquent une catastrophe appelée « tremblement de terre spatial », et sont même considérés comme l'ennemi naturel des humains. Face à la menace des elfes, tout ce que les humains peuvent faire est de les anéantir par la force, ou de « sortir avec eux et de les faire tomber amoureux d'eux » ! Shidou Gohe est capable de sceller le pouvoir d'un elfe tombé amoureux de lui en l'embrassant. DEM Industries, l'une des plus grandes entreprises du monde qui a également l'intention d'utiliser le pouvoir du génie, attaque Shidoshi de toutes ses forces afin de lui ôter la vie. La mystérieuse fille dans la mémoire de Shidou révèle enfin son vrai visage. De nombreuses pensées s'entremêlent et la plus grande guerre du passé est sur le point de commencer.