Saison 2 (2012)
Medaka est de retour au Lycée Hakoniwa et reprend sa place parmi le conseil des étudiants aux côtés de Hitoyoshi, Kikaijima et Kouki. Mais les choses ont changé depuis son combat contre Unzen. Non seulement le lycée est en travaux suite à son combat, mais on apprend également qu'Unzen faisait partie d'un sombre projet appelé « Flask Plan », projet impliquant les membres de la « classe 13 ». Une classe rassemblant les élèves les plus « anormaux » du lycée. Cette classe semble comprendre des adversaires bien plus puissants que tout ceux que Medaka a rencontré jusqu'à présent, la poussant même à demander de l'aide à son frère Kurokami Maguro.
1 - Normal, spécial et anormal
10 octobre 2012Une place s'est libérée pour la classe 13 et Medaka a été invitée à la rejoindre. Ce ne sera pas si simple, car d'autres élèves se battront pour obtenir la place et avoir une chance de faire partie du plan Flask.
2 - Sister, Sister, Sister!
17 octobre 2012Medaka ne fait pas le poids face aux élèves de la classe 13. Le seul moyen d'augmenter sa puissance est de rendre visite à un homme qui connaît toutes ses faiblesses.
3 - Je t'écrase aujourd'hui !
24 octobre 2012La journée d’entraînement de Medaka et Zenkichi a porté ses fruits, dans une certaine mesure. Pour arrêter le plan Flask, ils devront combattre encore plus d’élèves de la classe 13, mais pas sans aide.
4 - Le monstre que j'ai cherché
31 octobre 2012Le premier adversaire de Medaka la surprend même par son anormalité. Medaka devra pousser son corps à la limite et parler avec son poing pour atteindre le niveau suivant.
5 - Tu ne peux pas être tué !
7 novembre 2012Quand toute raison est une raison de tuer, Munakata Kei ne peut être arrêté par des mots. Medaka n'est pas en état d'affronter un tel tueur, c'est donc à sa meilleure amie de s'en charger.
6 - S’il te plaît, deviens mon quelque chose
14 novembre 2012Kouki a été séparé du groupe par Black White. Black White lui propose un marché, tandis que Best Pain tente de l'assassiner.
7 - Kurokami Kujira est un joli nom
21 novembre 2012Avec les conseils de Maguro, Akune pourrait avoir une chance de gagner contre Best Pain. Maguro, lui, est plus intéressé par Black White alias Naze Youka.
8 - Je ne veux pas te voir pleurer
28 novembre 2012Les choses ne vont pas bien pour le Conseil des étudiants, les membres sont blessés et Medaka est incapable d'agir. Pour ne rien arranger, un nouveau groupe de 13 étudiants propose son aide au Superviseur Naze.
9 - Kurokami Medaka
5 décembre 2012Akune et Hitoyashi ayant été éliminés, Kikaijima est la seule à pouvoir défier Yukuhashi, qui semble pouvoir lire dans ses pensées.
10 - Comment plaire à tout le monde
12 décembre 2012Medaka-chan n'est plus, il ne reste que Kurokami Medaka. La première actionde Medaka est de dissoudre le Conseil des élèves, d'épouser Oudo et de mener à bien le plan flask.
11 - C'est tout ce qu'elle a écrit !
20 décembre 2012Pendant que Medaka se bat avec Oudo, Naze supplie son frère de réparer Koga et lui promet de faire tout ce qu'il veut.
12 - Bon perdant Kumagawa, -12e tank. Exécuter le conseil des étudiants
26 décembre 2012L'histoire de Medaka se poursuit, mais les auteurs la gardent pour une autre fois. Appréciez cette histoire bonus.