Après 4 ans, le tournoi de Queen's Blade qui décidera qui sera la prochaine reine recommence. L'histoire se concentre essentiellement sur le parcours de Leina Vance, fille d'une famille d'aristocrates tombée en disgrâce depuis la mort de la femme du comte actuel, Maria Vance, lors du dernier tournoi de Queen's Blade il y a 4 ans. Leina abandonne sa vie luxueuse et protégée au manoir pour essayer de remporter le Queen's Blade, et prouver aux autres et à elle-même qu'elle peut faire son trou dans ce monde et être digne de sa mère.

Cette série fait suite a la première saison avec le renvoi de Nanaël sur Terre, mais plus seulement en tant qu'observatrice. Ordre de sa supérieure qui l'expédie gentiment hors du Paradis pour se joindre aux autres. Plus tard nous découvrons qu'un mystérieux personnage se cache derrière Aldra.

L'histoire nous emmène juste après les évènements de Queen's Blade. Annelotte est une jeune princesse chevalière qui fut exilée à cause d'une erreur qui l'a impliquée dans une insurrection contre la noblesse de plus en plus corrompue. En voyant que le régime de Claudette, qui est la dirigeante de Gynos et de l'ensemble du continent, impose sa tyrannie par la force, elle décide de mener une rébellion contre cette dernière avec l'aide d'une armée rebelle pour pouvoir renverser ce régime et ainsi rétablir la paix sur le continent.