Cette saison marque le début de la série. Mark Evans et ses coéquipiers de l'équipe de football du collège Raimon font tout leur possible, afin de réaliser leur rêve : remporter le tournoi inter-collèges Football Frontier, y arriveront-il ?

Dix ans après la victoire d’Inazuma Japon au Football Frontier International le football a pris une grande importance dans tout le pays. Mais il est maintenant contrôlé par le mystérieux Cinquième secteur. Arion Sherwind, un jeune garçon passionné de football, fait sa rentrée au collège Raimon. Il est bien décidé à intégrer le prestigieux club de Raimon! Mais Victor Blade, un mystérieux jeune garçon se dresse sur sa route. Envoyé par le Cinquième secteur, il vient défier l’équipe du Collège Raimon dont le but est de remplacer l’équipe actuelle par la sienne. Riccardo Di Rigo, le capitaine de l'équipe principale et ses coéquipiers accepte de relever le défi ! Avec l’aide d’Arion et des coachs Percy Travis et Mark Evans, il va tout mettre en œuvre pour protéger son équipe et son école des attaques du Cinquième Secteur.

La série débute trois mois après la victoire de l'équipe de football du collège Raimon au tournoi de la Route du Sacre. Durant ces derniers mois, Arion Sherwind participa à un programme mis en place par Axel Blaze, afin de diffuser le vrai football à travers le Japon, notamment à Okinawa. Il retourne au collège Raimon. Il remarque toutefois que plusieurs choses ont changées. Les membres de l'équipe de football de Raimon sont dans divers clubs, tels que le club de musique ou le club de rugby entre autres. Jean-Pierre Lapin est dans le club de tennis de table, pendant que Skie Blue est dans le club de calligraphie. Il s'avère que le club de football de Raimon n'existe pas. S'agit-il d'un monde parallèle ? Arion se le demande.

La série débute quelques temps après le tournoi Ragnarok, qui s'est déroulé à Centrado 200 ans dans le futur. Le tournoi Football Frontier International Vision 2 (parfois abrégé FFIV2) est sur le point de débuter. Arion Sherwind et ses amis Riccardo Di Rigo et Victor Blade furent sélectionnés pour faire partie de l'équipe Inazuma National. Pendant qu'ils s'attendaient à jouer dans cette équipe avec leurs coéquipiers de l'équipe de football de Raimon, il n'en fut rien. L'entraineur Astero Black recruta huit autres joueurs, qui s'avèrent n'avoir jamais joué au football. Pourquoi donc l'entraineur Black a-t-il choisi ces joueurs-là ? Qui est-il vraiment ?