Le personnage principal, Endou Mamoru, est un gardien de but très talentueux et le petit-fils de l’un des plus grands gardiens du Japon, décédé avant sa naissance. Malgré ses capacités impressionnantes, son école ne possède pas de véritable club de football, car les six autres membres ne semblent pas vraiment intéressés, même par l’entraînement. Mais lorsqu’un attaquant mystérieux nommé Gouenji arrive dans la ville d’Endou, le jeune gardien se met en tête de trouver et de recruter des joueurs pour former son équipe.

Dix ans après la victoire d'Inazuma Japon au Football Frontier International, le football collégien est contrôlé par le Cinquième Secteur, une organisation qui truque les matchs pour imposer des résultats prédéfinis. Arion Sherwind, nouvel élève du collège Raimon et passionné de football, refuse cette injustice. Avec ses coéquipiers, dont le talentueux Victor Blade, il décide de se rebeller pour rendre au football sa liberté. Ensemble, ils affrontent de redoutables adversaires et utilisent de nouveaux pouvoirs pour défendre un jeu sincère et passionné.

La série débute trois mois après la victoire de l'équipe de football du collège Raimon au tournoi de la Route du Sacre. Durant ces derniers mois, Arion Sherwind participa à un programme mis en place par Axel Blaze, afin de diffuser le vrai football à travers le Japon, notamment à Okinawa. Il retourne au collège Raimon. Il remarque toutefois que plusieurs choses ont changées. Les membres de l'équipe de football de Raimon sont dans divers clubs, tels que le club de musique ou le club de rugby entre autres. Jean-Pierre Lapin est dans le club de tennis de table, pendant que Skie Blue est dans le club de calligraphie. Il s'avère que le club de football de Raimon n'existe pas. S'agit-il d'un monde parallèle ? Arion se le demande.

La série débute quelques temps après le tournoi Ragnarok, qui s'est déroulé à Centrado 200 ans dans le futur. Le tournoi Football Frontier International Vision 2 (parfois abrégé FFIV2) est sur le point de débuter. Arion Sherwind et ses amis Riccardo Di Rigo et Victor Blade furent sélectionnés pour faire partie de l'équipe Inazuma National. Pendant qu'ils s'attendaient à jouer dans cette équipe avec leurs coéquipiers de l'équipe de football de Raimon, il n'en fut rien. L'entraineur Astero Black recruta huit autres joueurs, qui s'avèrent n'avoir jamais joué au football. Pourquoi donc l'entraineur Black a-t-il choisi ces joueurs-là ? Qui est-il vraiment ?