Part 1 - Le Football Frontier : Cette saison marque le début de la série. Mark Evans et ses coéquipiers de l'équipe de football du collège Raimon font tout leur possible, afin de réaliser leur rêve : remporter le tournoi inter-collèges Football Frontier, y arriveront-il ? Part 2 - L’Académie Alius : Après le Football Frontier, le Japon est menacé par l’Académie Alius, une organisation mystérieuse dont les équipes utilisent une technologie alien pour devenir surpuissantes. Leur objectif : détruire le football japonais. Part 3 : Le Football Frontier International : Après la menace de l’Académie Alius, le Japon forme une équipe nationale : Inazuma Japan, chargée de représenter le pays au Football Frontier International, le tournoi mondial.

Dix ans après la victoire d'Inazuma Japon au Football Frontier International, le football collégien est contrôlé par le Cinquième Secteur, une organisation qui truque les matchs pour imposer des résultats prédéfinis. Arion Sherwind, nouvel élève du collège Raimon et passionné de football, refuse cette injustice. Avec ses coéquipiers, dont le talentueux Victor Blade, il décide de se rebeller pour rendre au football sa liberté. Ensemble, ils affrontent de redoutables adversaires et utilisent de nouveaux pouvoirs pour défendre un jeu sincère et passionné.

La série débute trois mois après la victoire de l'équipe de football du collège Raimon au tournoi de la Route du Sacre. Durant ces derniers mois, Arion Sherwind participa à un programme mis en place par Axel Blaze, afin de diffuser le vrai football à travers le Japon, notamment à Okinawa. Il retourne au collège Raimon. Il remarque toutefois que plusieurs choses ont changées. Les membres de l'équipe de football de Raimon sont dans divers clubs, tels que le club de musique ou le club de rugby entre autres. Jean-Pierre Lapin est dans le club de tennis de table, pendant que Skie Blue est dans le club de calligraphie. Il s'avère que le club de football de Raimon n'existe pas. S'agit-il d'un monde parallèle ? Arion se le demande.

La série débute quelques temps après le tournoi Ragnarok, qui s'est déroulé à Centrado 200 ans dans le futur. Le tournoi Football Frontier International Vision 2 (parfois abrégé FFIV2) est sur le point de débuter. Arion Sherwind et ses amis Riccardo Di Rigo et Victor Blade furent sélectionnés pour faire partie de l'équipe Inazuma National. Pendant qu'ils s'attendaient à jouer dans cette équipe avec leurs coéquipiers de l'équipe de football de Raimon, il n'en fut rien. L'entraineur Astero Black recruta huit autres joueurs, qui s'avèrent n'avoir jamais joué au football. Pourquoi donc l'entraineur Black a-t-il choisi ces joueurs-là ? Qui est-il vraiment ?