1 - Right or Left

Yumi et Kyo sont des enfants qui ont été sélectionnés pour participer à une mission top secrète, pour être les pilotes des premières unités de combat Fafner ; la dernière chance de survie pour la race humaine. L'ennemi est impitoyable, sans remords et capable de lire dans l'esprit des humains. C'est pourquoi les détails de cette mission sont gardés secrets, même pour le personnel concerné. Les jeunes pilotes doivent faire appel à tout leur courage et à leur foi pour survivre et mener à bien leur mission, faute de quoi le destin de l'humanité serait compromis.

2 - Épisode 2

3 - Épisode 3

4 - Épisode 4

5 - Épisode 5

6 - Le ciel (azure)

Les quatre pilotes se réunissent pour vaincre Idun ensemble. Pendant ce temps, Tsubaki lutte contre ses émotions en quittant l'île pour se synchroniser avec le noyau de l'île.