Sousuke Sagara, un soldat d'élite de 17 ans travaillant pour l'organisation secrète « Mithril » a été assigné de la protection de Kaname Chidori, une jeune étudiante japonaise. Afin d'accomplir cette tâche, Sousuke se fait passer pour un étudiant transféré dans la classe de Chidori. Sousuke doit rapidement faire face à des ennemis de son passé mais le plus difficile pour lui n'est pas la protection de Chidori mais de s'habituer à la vie d'un étudiant japonais. Dur dur pour quelqu'un élevé sur les champs de bataille.

Sousuke est un adolescent ayant vécu sur des théâtres de guerre toute son enfance. Sergent de l'organisation secrète Mitrhil, il doit s'intégrer à l'école où vit Chidori afin de la protéger, mais tout n'est pas facile pour quelqu'un qui n'a jamais vécu en société et qui prend tout au sérieux.

L'histoire se déroule environ deux mois après les événements survenus sur le sous-marin Tuatha de Danaan. L'organisation Mithril a vent d'une organisation secrète possédant une technologie probablement supérieure à la leur. Cette organisation du nom d'Amalgam possède une « Black Technology » obtenue depuis un « Whispered » et compte bien en obtenir autant que possible. Sagara Sousuke et ses collègues font tout leur possible pour mettre un terme à cette organisation.

L'histoire se centre sur Sôsuke Sagara, soldat d'élite de 17 ans, chargé de protéger Chidori Kaname, dont les pouvoirs sont convoités par une organisation criminelle.