Dans une ville, un jeune garçon, Kenta Yumiya, participe à un tournoi de beyblade, un sport qui consiste à faire se percuter deux toupies jusqu'à ce que l'une s'arrête de tourner. Le vainqueur récupère une partie des points beyblade du perdant. Kenta et sa toupie Flame Sagittario arrivent assez loin dans le tournoi. Kenta se fait plus tard agresser par une bande de voyous appelés les chasseurs de tête, qui attaquent les jeunes bladers inexpérimentés pour leur voler leurs points. Le meneur de la bande, Benkei, est sur le point de battre Sagittario, mais soudain, une toupie surgie de nulle part élimine celle de Benkei. Le propriétaire de cette toupie apparaît et se présente : il se nomme Gingka Hagane.

Lors de son dernier combat contre Ryuga, Gingka perd la forme physique de Storm Pegasus .Son père, Ryo lui parle de l’existence d'une autre toupie (Galaxy Pegasus). Cette toupie a servi de prototype pour Storm Pegasus. Gingka la récupère. Bientôt, un nouvel arrivant nommé Masamune Kadoya, prétendant être le bladeur numéro 1, défie Gingka avec sa toupie Ray Striker. Masamune perd contre Gingka. Ses amis le félicitent d'avoir gagné mais Gingka avoue qu'il n'a pas su maîtriser Pegasus. Après sa défaite, Masamune continue à défier Gingka mais perd constamment. Finalement, Masamune réussit à battre Gingka (mais il le bat en reversant du sable sur Pegasus donc avec de la chance). Peu de temps après, Ryo, le père de Gingka leur annonce qu'un grand tournoi international en équipe va avoir lieu. L'équipe sera composée de 3 membres titulaires et d'un membre remplaçant. Gingka, ayant gagné l'Ultime Bataille, est déjà qualifié en tant que titulaire. Il ne reste donc que 2 places de titulaires et celle du remplaçant.

Yuki Mizusawa est un garçon passionné d'astronomie et qui joue au beyblade. Lorsqu'il apprend qu'un nouveau fragment d'étoile arrive sur Terre, il veut prévenir Gingka et ses amis à propos des bladers légendaires, des bladers dont la toupie a évolué car elle renferme une partie de ce fragment d'étoile. Yuki explique que le fragment d'étoile s'est divisé en 10 petits éclats qui sont tombés dans 10 toupies et que si le fragment tombe entre de mauvaises mains, le dieu de la destruction, Némésis pourrait refaire surface et détruire la Terre. Gingka, Kyoya et Yuki réalisent alors qu'ils sont des bladers légendaires (ce sont d'ailleurs les seuls dans leur groupe) car leur toupies se sont transformées. Gingka et ses amis partent donc à la recherche des autres bladers légendaires.