Tsukune, un collégien comme il en existe beaucoup, vient de rater ses examens d'entrée au lycée. Désespérés, ses parents ne savent plus quoi faire, jusqu'à ce que son père trouve dans la rue un bulletin d'inscription pour le lycée Yokai. Une fois arrivé là-bas, Tsukune découvre que cette école n'est occupée que par des monstres devant prendre forme humaine le temps des cours. Il y fait la connaissance de Moka, une ravissante jeune fille vampire, qui se prend rapidement d'affection pour lui. Et heureusement, car la règle est formelle : si un humain pénètre dans l'école, ce dernier sera tué sur-le-champ. Tsukune va donc devoir cohabiter avec ces monstres sans se faire repérer, entouré de lycéennes plus ravissantes les unes que les autres !

Cela fait maintenant un an que Tsukune fréquente le lycée Yokai, cette école fréquentée uniquement par des monstres. Le voici donc en 2ème année, toujours entouré des plus jolies filles mais aussi de nouvelles ! En effet, dès la rentrée, tout le petit groupe attire l'attention des plus jeunes qui viennent tout juste d'arriver, notamment d'une jeune fille qui semble avoir des vues sérieuses sur les élèves plus âgés. Le cercle d'amis du club du journal n'est pas prêt de s'éteindre, d'autant que des monstres beaucoup plus dangereux que les précédents font leur apparition !