Un étrange champ de force d'origine inconnue s'est dressé autour de Tokyo il y a dix ans. On l'appelle "la porte des enfers" (Hell's gate). La semaine suivant cette apparition, la police découvre l'existence d'êtres surnaturels : les Contractors, êtres d'apparence humaine possédant des pouvoirs surhumains, et les Dolls, générés par un programme. Pour n'éveiller aucune panique de la part des habitants de Tokyo, une section, la "quatrième section des Affaires Étrangères", dont fait partie l'agent Kirihara Misaki, s'occupe d'effacer la mémoire de tout habitant entrant en contact avec un Contractor. Une scientifique du nom de Shinoda Chiaki ayant fait une thèse à propos de la porte se retrouve poursuivie par la police qui veut lui effacer la mémoire. Elle rencontre alors Li, un chinois qui vient d'emménager à Tokyo, qui la protège des Contractors et de la police. Cet homme semble lié à un homme mystérieux vouant une haine plus sombre que le noir aux Contractors.

L'histoire se passe deux ans plus tard, en Russie. Suō Pavlichenko est une petite fille mi-Russe mi-Japonaise. N'ayant pas connus trop de malheurs, elle vit heureuse entourée de son frère et de ses amis. Ce qu'elle ne sait pas, c'est que le malheur la suit de très près. Quand a notre BK201, Huang et Mao ne sont plus, Hei et Yin se débrouille désormais tout seul. Les mystères seront donc enfin résolu dans cette deuxième saison ?