Shinichi Kudô est un élève de première, féru d’énigmes, dont le sens de la déduction permet d’épauler la police dans bon nombre d’enquêtes. Lors d’une journée au parc d’attractions avec Ran Mouri, il surprend d’étranges hommes vêtus de noir qu’il devine être des maîtres chanteurs. Afin de le faire taire à jamais, il ingurgite un poison expérimental qui le fait rajeunir… Aidé par son voisin, le Dr Agasa, inventeur génial et farfelu, il décide de partir à la recherche de l’organisation secrète dont il a été victime. Cachant désormais sa véritable identité sous le pseudonyme de Conan Edogawa, un enfant de 7 ans, Shinichi se réfugie chez Ran, dont le père est détective. Le Sherlock Holmes moderne peut maintenant entrer en scène !