Après le plus grand combat père-fils de l'histoire, Baki et les autres combattants légendaires sont rongés par un ennui profond. Pendant ce temps, à 364 mètres sous la Tokyo Skytree, un plan secret se met en place pour ressusciter le maître d'armes Miyamoto Musashi… Déchaîné de nos jours, ce nouveau danger utilise une maîtrise du sabre d'une puissance et d'une rapidité inégalées pour attaquer Baki et ses compagnons.