Au XVIème siècle, le jeune Esteban part à la recherche des légendaires Cités d'Or dans les Amériques récemment découvertes. Accompagné de Zia et Tao, il découvre les secrets des civilisations disparues, pourchassé par des Espagnols avides de trésors...

De retour du Nouveau Monde, Mendoza, Pedro et Sancho se font confisquer leur or et sont emprisonnés par un mystérieux personnage, Zarès. Mais, Esteban, Zia et Tao, avec l'aide de Pichu, parviennent à faire évader leurs amis de la prison de Barcelone où ils étaient incarcérés. À bord du Grand Condor, nos héros partent en direction de la Chine où ils espèrent y trouver une nouvelle cité d’or.

1533. Après avoir trouvé une deuxième cité d'or en Chine, Esteban, Zia, Tao, accompagnés de Mendoza et ses deux marins Sancho et Pedro, se rendent au Japon à bord du Grand Condor pour en localiser une troisième. Leur quête s'annonce difficile. Les trois adolescents doivent maintenant affronter un ennemi déclaré, l'infâme Zarès, qui leur a posé un terrible ultimatum : pour revoir son père, Esteban devra livrer cette troisième Cité d'Or.