1 - ÉPISODE 01 : PROLOGUE + SUPER SPARTAN i

Lors d'un raid sur une réunion avec un délégué international où il soupçonne des faits de corruption et des activités criminelles, Daisuke Aramaki de la Sécurité publique rencontre une mystérieuse femme cyborg. Celle-ci se présente comme Motoko Kusanagi et propose au ministre de l'Intérieur la création d'une section spéciale. Aramaki confie à Kusanagi une première enquête test.

2 - ÉPISODE 02 : SUPER SPARTAN ii + JUNK JUNGLE i

Recrutées par Aramaki, Kusanagi et son équipe deviennent l'« Unité spéciale ». Le cybercerveau de l'interprète du ministre des Affaires étrangères est infecté par un virus. Selon Aramaki, le colonel Mares, en exil dans le pays, tente de faire capoter une réunion secrète. Il ordonne à Kusanagi de remonter la trace du piratage pour trouver le coupable.

3 - Épisode 3

4 - Épisode 4

5 - Épisode 5

6 - Épisode 6

7 - Épisode 7

8 - Épisode 8

9 - Épisode 9

10 - Épisode 10