Saison 1 (2005)
Lincoln Burrows est accusé du meurtre de Terrence Steadman, qui est le frère de la vice-présidente des États-Unis. Les preuves étant accablantes, il est déclaré coupable de meurtre au premier degré avec préméditation et condamné à mort. Il est incarcéré dans la prison de Fox River pour attendre son exécution. Le frère de Lincoln, Michael Scofield, est convaincu de son innocence et conçoit un ingénieux plan d'évasion. Après avoir lui-même provoqué son incarcération à Fox River, c'est une course contre la montre qui s'engage pour Michael, qui doit affronter de nombreux obstacles et établir de bons rapports avec les détenus et le personnel de la prison pour réussir à s'évader avec son frère. Les deux héros sont aidés par Veronica Donovan, l'avocate et ex-petite amie de Lincoln, qui commence à enquêter sur la conspiration qui a envoyé Lincoln en prison.

1 - La Grande Évasion
29 août 2005Michael Scofield, ingénieur en génie civil, se fait emprisonner pour pouvoir préparer sur le terrain l'évasion de son frère, un condamné à mort qui dit avoir été piégé.

2 - Allen
29 août 2005Michael essaie de mettre la main sur deux choses nécessaires à son plan d'évasion : un médicament qui le fera passer pour diabétique et une grande vis.

3 - Mise à l'épreuve
5 septembre 2005En cherchant à recruter Abruzzi et Sucre, Michael se heurte à quelques difficultés. Quant à Lincoln, il veut qu'un membre de sa famille assiste à son exécution.

4 - Alchimie
12 septembre 2005Michael se procure les agents corrosifs nécessaires à son plan d'évasion. Son nouveau compagnon de cellule, le Disjoncté, s'intéresse d'un peu trop près à son tatouage.

5 - Le Transfert
19 septembre 2005Kellerman et Hale se démènent pour faire transférer Michael, mais il parvient à déjouer leurs plans et teste la première partie de son itinéraire d'évasion.

6 - Au cœur de l'enfer (1)
26 septembre 2005Le stratagème de Michael, pour pouvoir creuser plus longtemps en provoquant un confinement en cellule, tourne à l'émeute. Kellerman paie un détenu pour qu'il tue Lincoln.

7 - Au cœur de l'enfer (2)
3 octobre 2005Pendant l'émeute, Michael sauve Sara, l'assassin essaie de tuer Lincoln et Bellick met Pope au défi de parler au gouverneur.

8 - Route 66
24 octobre 2005Tandis que Michael cherche un accès à la salle de repos des gardiens, Kellerman et Hale tentent d'assassiner Veronica et L.J.

9 - Un homme hors du commun
31 octobre 2005T-Bag perd un esclave et jette son dévolu sur le suivant. Quant à Abruzzi, sa dégringolade dans la hiérarchie de la prison met en péril le plan d'évasion.

10 - Cause perdue
7 novembre 2005Pour reprendre le contrôle de l'équipe de travail pénitentiaire et ne pas perdre toute chance de s'évader, Abruzzi persuade Michael de livrer Fibonacci à Falzone.

11 - Un de trop
14 novembre 2005Michael fabrique un appareil destiné à calculer le temps nécessaire à l'évasion du groupe auquel vient s'ajouter une nouvelle recrue, Westmoreland.

12 - Rédemption
21 novembre 2005Lincoln prévient Michael qu'il lui faudra abandonner un homme, et Abruzzi menace de tuer T-Bag s'il ne renonce pas à s'échapper.

13 - Le bout du tunnel
28 novembre 2005Alors que l'exécution de Lincoln est imminente, Michael met son plan à exécution. Kellerman demande des comptes à Hale, et Veronica s'adresse aux médias.

14 - Comme un rat
20 mars 2006Tandis que Michael se surpasse en sabotant la chaise électrique pour retarder l'exécution de Lincoln, Veronica et Nick essaient de faire exhumer le corps de Steadman.

15 - In extremis
27 mars 2006Lincoln obtient un report d'exécution quand le juge ordonne l'exhumation du corps de Steadman, et Sucre aide Michael à vérifier le nouvel itinéraire vers l'infirmerie.

16 - Les Blessures de l'âme
3 avril 2006Des flashbacks retracent les événements qui ont envoyé Michael, Lincoln, Sucre, C-Note et T-Bag en prison, et expliquent comment Sara en est venue à y travailler.

17 - Dépression
10 avril 2006Alors que Michael est placé à l'isolement, Sucre doit se débrouiller seul pour reboucher le trou creusé dans la salle de repos des gardiens.

18 - Poker menteur
17 avril 2006Tandis que Michael aide le Disjoncté à se remémorer le tatouage manquant, les autres membres de l'équipe empêchent Bellick de réattribuer la cellule de Michael et Sucre.

19 - La Clef
24 avril 2006Michael cherche comment dérober la clé de l'infirmerie à Sara. Pendant ce temps, Lincoln découvre le rôle joué par son père dans les événements qui ont détruit sa vie.

20 - Sans retour
1 mai 2006Une fois le trou découvert, les détenus n'ont d'autre choix que de s'évader d'urgence, mais ils devront peut-être abandonner Lincoln qui est étroitement surveillé.

21 - Le Grand Soir
8 mai 2006Michael force Pope à transférer Lincoln de l'isolement à l'infirmerie, et les évadés parviennent tant bien que mal jusqu'au bureau de Sara.

22 - Les Fugitifs
15 mai 2006Après l'évasion, c'est un Bellick forcené qui prend la tête d'une gigantesque chasse à l'homme, tandis que la vice-présidente joue son va-tout pour accaparer le pouvoir.