1 - L'arrivée des Headmasters

En l’an 2011, les Decepticons sont de retour, et ils ont gagné en puissance grâce à la toute nouvelle force qui s’ajoute à la guerre des Transformers — les Headmasters !

2 - La recherche de la Matrice

Après avoir découvert les origines des Headmasters et de la planète Master, les Autobots se précipitent pour récupérer la Matrix disparue.

3 - Le retour de Rodimus Primus

Avec la Matrix retrouvée, la course est lancée pour retourner sur Cybertron et assurer le contrôle des Autobots sur la planète.

4 - Opération cassettes

Lorsque Soundwave est ressuscité sous la forme de Soundblaster et que Cybertron est attaquée par la Madmachine, les Autobots réagissent en recréant Blaster sous la forme de Twincast.

5 - Rébellion sur Animatros

Les Autobots se dirigent vers la planète Beast afin d’aider les Beastformers autochtones à repousser une invasion des Decepticons.

6 - L'astéroide maléfique

Galvatron envoie un météore capable de déformer la gravité sur une trajectoire de collision avec Cybertron, et seul Daniel peut sauver la situation.

7 - Les ombres du passé

Scorponok attire les Headmasters Autobots dans un piège sur la planète Praum, où ils doivent faire appel à tout leur entraînement pour survivre.

8 - Terreur des six ombres

Les Trainbots occupent le devant de la scène lorsque six silhouettes mystérieuses attaquent des pays aux quatre coins du monde.

9 - Apocalypse (1)

Lorsque Vector Sigma développe un nouvel alliage puissant, les Decepticons lancent une offensive totale contre Cybertron afin de se l’approprier.

10 - Apocalypse (2)

La fin approche pour Cybertron alors que le plan de Scorponok visant à s’emparer du pouvoir touche à sa réalisation…

11 - Le maître des ombres

Scorponok prend le commandement des Decepticons, et les Headmasters Autobots doivent contrecarrer son plan visant à prendre le contrôle d’un satellite terrestre capable de capter l’énergie du soleil.

12 - Énergie plasmique

Les Autobots se précipitent pour sauver un village péruvien lorsque les Decepticons provoquent l’éruption d’un volcan à proximité.

13 - Forteresse Maximus

Fortress doit révéler sa transformation ultime lorsque les Decepticons attaquent San Francisco avec une plante carnivore.

14 - Le venin du scorpion (1)

Les Autobots tentent d’empêcher un complot des Decepticons visant à détruire toute la planète Mars.

15 - Le venin du scorpion (2)

Privé de puissance et alors que la destruction de Mars se rapproche de plus en plus, Fortress Maximus, Scorponok révèle enfin son véritable visage.

16 - Épisode 16

17 - Épisode 17

18 - Épisode 18

19 - Épisode 19

20 - Épisode 20

21 - Épisode 21

22 - Épisode 22

23 - Épisode 23

24 - Épisode 24

25 - Épisode 25

26 - Épisode 26

27 - Épisode 27

28 - Épisode 28

29 - Épisode 29

30 - Épisode 30

31 - Épisode 31

32 - Épisode 32

33 - Épisode 33

34 - Épisode 34

35 - Épisode 35