La première saison (numérotée « BU » et nommée La préhistoire dans l'édition VHS) comprend cinquante-deux épisodes de deux minutes chacun, en 35 mm couleur. Réalisée en 1968, c'est la seule qui a utilisé l'animographe. Elle est diffusée à partir du 29 avril de la même année, mais est interrompue lors des événements de mai 68, puis reprend au mois de septembre. C'est ici que l'on trouve une grande partie des bases de la logique Shadok, et que sont présentés les personnages principaux. Pendant toute la saison (ou presque), les Shadoks tenteront de se rendre sur la Terre, sans succès avant la toute fin, dans des tentatives relativement répétitives.

Cette saison a été faite à la suite de nombreuses plaintes de téléspectateurs et est plus variée que la première du fait du passage de l'animographe aux dessins réalisés à la main sur un plus grand format.

La troisième saison (numérotée « MEU » et nommée Les Shadoks pompent toujours dans l'édition VHS) comprend 52 épisodes réalisés entre 1972 et 1973. Du point de vue du scénario, l'histoire se situe dans la continuité de la deuxième saison. Par la suite, cette saison a une histoire qui lui est propre et qui s'éloigne de celle des précédentes saisons, avec nombre de nouveautés : les valises à ancêtres…

La quatrième et ultime saison, nommée Les Shadoks et le big blank (numérotée « BU-GA » dans l'édition VHS), comprend 52 épisodes réalisés en 2000. Elle reprend pour partie quelques thèmes des saisons précédentes. Le sujet principal en est la peur de la fin du monde puis de la « Bougrinette » (la mort ou la fin inéluctable incarnée), qui est la cause de la fin de l'univers où évoluent les Shadoks (et partant, de la série).