Saison 3 (1999)
1 - L'Affaire des téléporteurs
2 octobre 1999Des agents de sécurité de la planète Kalafatix débarquent sur Terre pour arrêter tous les extraterrestres qui ont commis des infractions sur leur planète...
2 - L'Affaire du vaisseau englouti
9 octobre 1999Alpha, toujours plus monstrueux, réapparaît au pôle Sud à la recherche d'un bio-vaisseau qui lui permettra de dominer la galaxie...
3 - L'Affaire de la chambre forte
23 octobre 1999Le MIB est chargé d'arrêter un trafic d'armes qui s'étend sur plusieurs galaxies. Frank, le chien, tente de les aider à sa manière..
4 - L'Affaire Atlantide
6 novembre 1999L'île engloutie de l'Atlandide sert aujourd'hui de lieu de villégiature aux riches aliens. C'est également le site qu'a choisi le terrible Quintoon pour préparer sa conquête de la galaxie...
5 - L'Affaire Diamond Back
13 novembre 1999Afin de sauver la terre d'un Métophite, véritable réacteur nucléaire vivant, le MIB envoie ses agents en 1869. Ils sont à la recherche d'un cocon nucléaire en plein Far West...
6 - L'Affaire des petits de la reine
20 novembre 1999De gigantesques insectes arrivent sur Terre. Ils se sont procuré des costumes d'humains. Le MIB part à leur recherche...
7 - L'Affaire du réacteur
4 décembre 1999Un incident met en péril la centrale nucléaire du MIB. Les Worms, qui en avaient la surveillance, sont condamnés à l'exil. J a pourtant le sentiment qu'ils sont innocents...
8 - L'Affaire du cristal à flux ionique
15 janvier 2000Une centrale nucléaire est cambriolée et des barres d'uranium dérobées. Les Darkons, des ombres vivantes maléfiques, mettent au point une arme diabolique qui, dès la prochaine éclipse, plongerait le monde dans l'obscurité éternelle...
9 - L'Affaire Alpha
22 janvier 2000K est nommé à la tête du MIB suite au départ en retraite de Z. J et L sont désormais coéquipiers...
10 - L'Affaire du canon rétrécisseur
5 février 2000Les Fmeks volent les monuments les plus connus de New York comme le pont de Brooklyn et la statue de la Liberté. Le MIB fait tout pour les en empêcher...
11 - L'Affaire du sceptre de Séclarien
4 mars 2000Une momie s'éveille dans le musée d'histoire naturelle et s'enfuit. Il s'agit d'un Hypérien que K et J vont traquer...
12 - L'Affaire de l'hypospray
25 mars 2000Le MIB accueille un ambassadeur stellarien et sa fille. Cette dernière est kidnappée par des Frostifariens. Le MIB met tout en œuvre pour la retrouver...
13 - L'Affaire des robots costumés
8 avril 2000Le MIB organise un comité d'accueil pour un alien non identifié. Mais cet extraterrestre leur file entre les mains et entre dans un fast-food...
14 - L'Affaire des insectes géants
20 mai 2000Après une course effrénée qui se termine par un accident avec la voiture de K, J est exclu du MIB. Ses trois années en tant qu'agent sont effacées de sa mémoire avant son retour à la vie civile...