Saison 2 (1998)
1 - L'Affaire du rayon vert
19 septembre 1998De petits terroristes extraterrestres volent des déguisements humains pour le compte des Arquilliens...
2 - L'Affaire des clones de J
26 septembre 1998J se sent fatigué. Il demande à L de le cloner afin qu'il puisse se reposer. Mais les clones sont instables et leur durée de vie limitée...
3 - L'Affaire du symbiote
3 octobre 1998Troy, le symbiote, revient parmi les MIB. Il est aussitôt kidnappé par le malfrat Alpha qui l'oblige à rejoindre sa collection d'organes extraterrestres...
4 - L'Affaire de l'évadé
10 octobre 1998Drekk, un criminel extraterrestre, se réfugie sur Terre après s'être évadé d'une prison intergalactique. K et J découvrent que Frank connaît Drekk. Ils l'encouragent à les aider...
5 - L'Affaire de la vengeance des punaises
24 octobre 1998La reine des punaises veut venger la mort d'une de ses enfants sur Terre. Elle met la tête de l'agent L à prix...
6 - L'Affaire Jack la lanterne
31 octobre 1998Barthok, le trafiquant d'esclaves, est pris pour un esprit maléfique en raison de sa tête en forme de citrouille. Il profite d'Halloween pour se fondre dans la masse...
7 - L'Affaire de la voix fatale
7 novembre 1998Eileen, le policier extraterrestre, revient sur Terre accompagné de sa nouvelle partenaire, Eidi. Ils escortent un prisonnier Aldoosi qui utilise sa voix comme une arme...
8 - L'Affaire du sérum de vérité
14 novembre 1998Un alien apporte sur Terre une plante se reproduisant très vite et bien décidée à asservir tous les habitants de la planète...
9 - L'Affaire de la formule de croissance
21 novembre 1998Des extraterrestres de la taille d'un pouce veulent envahir la Terre. Pour cela, ils projettent d'enlever un scientifique qui les fera grandir...
10 - L'Affaire de l'enlèvement du père Noël
12 décembre 1998Un chasseur de prime extraterrestre enlève le père Nöel. Ses elfes viennent se plaindre au MIB qui prend l'affaire en main...
11 - L'Affaire des pirates de l'espace
16 janvier 1999Le MIB fait atterrir dans sa base un vaisseau attaqué par des pirates. À l'intérieur se trouve un engin lumineux auquel J, K et L vont être exposés...
12 - L'Affaire des acteurs extraterrestres
23 janvier 1999Des aliens sont utilisés comme acteurs dans des films à Hollywood. Trois comédiens très connus disparaissent. Leur imprésario fait appel au MIB...
13 - L'Affaire de la lentille
6 février 1999Alpha, le renégat du MIB, prend possession du satellite Blackguard du MIB. K et J vont l'affronter dans l'espace...